日本是当今世界为数不多的允许干细胞应用于临床治疗的国家。目前确定日本再生医疗干细胞可有效干预的疾病有：血管疾病（心肌梗塞、脑梗塞、脑出血、蛛网膜下腔出血、肾功能不全、动脉硬化等）、神经疾病（脊髓损伤、脑梗塞、帕金森症、小儿麻痹等）、骨及软骨疾病（骨关节退行性病变、慢性疼痛、风湿性关节炎等）、以及肝病、肺病、糖尿病、哮喘、难治性胶原病、免疫性疾病、牙周病等，并有预防疾病和抗衰老的功能。

间充质(也称间叶)干细胞（Mesenchymal Stem Cells，以下称MSC）治疗属于国家“第二类再生医疗技术”（确保再生医疗的安全性和合法性）。日本政府对于干细胞医疗行为监管非常严格，只有通过日本政府厚生劳动省（相当于中国卫生部）和认定再生医疗委员会审批的医疗机构才可进行干细胞移植医疗行为。在厚生省劳动申请并登录的主要干细胞治疗项目总结如下：（每家医疗机构的申请项目数量不一，有申请一种的，也有申请多种治疗项目。不同医疗机构针对同一种治疗项目所使用的文字表现有少许不同，笔者统一归纳如下）

使用自体脂肪来源MSC通过静脉回输或局部注射的治疗项目有：

【使用自体脂肪来源MSC治疗脊髓损伤】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗脑梗塞及脑梗塞后遗症】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗肌萎缩侧索硬化症(ALS)、镰状细胞病(SCD)、路易体痴呆(DLB)、进行性核上行麻痹(PSP)】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗心衰】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗重症下肢缺血情况下的慢性溃疡病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗慢性肺病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗慢性肾病(CKD)】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗神经变性疾病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗肝硬化，肝纤维化、肝功能障碍】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗关节疼痛】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗膝关节退行性病变】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗慢性疼痛】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗肌腱韧带损伤】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗因运动导致及老化导致的运动器官功能下降】；

【使用自体脂肪来源MSC 治疗骨质疏松症】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗动脉硬化】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗认知功能障碍】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗慢性疾患】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗特应性皮炎】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗特应性皮炎以及硬皮病等的难治性皮肤病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗自身免疫疾患】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗淋巴肿大】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗脑血管疾病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗肝功能疾病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗更年期综合征】；

【使用自体脂肪来源MSC皮下注射治疗皮肤凹陷性变形】；

【使用自体脂肪来源MSC局部注射改善因老化出现的皱纹以及皮肤松弛】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗糖尿病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗颜面萎缩症，皮肤衰老】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗痤疮】；

【使用自体脂肪来源MSC头皮注射疗法治疗脱发症】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗乳房组织缺损】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗骨吸收性牙科疾病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗阿尔茨海默病】；

【使用自体脂肪来源MSC治疗帕金森病】；

使用自体骨髓来源MSC的治疗项目有：

【使用自体骨髓来源MSC治疗中枢神经功能障碍】；

【使用自体骨髓来源MSC治疗脑梗塞后遗症】；

【使用自体骨髓来源MSC治疗脊髓损伤】；

除上述以外使用其它组织来源的MSC治疗项目有：

【使用自体齿髓MSC治疗齿槽骨、颚骨】；

【使用自体皮肤皮下组织来源的MSC进行脸部皮下注射改善因老化出现的皱纹以及皮肤松弛】等。

下图是日本厚生省网站关于医疗机构申请干细胞治疗营业资格的流程图。日本政府对于干细胞医疗行为监管非常严格，只有通过日本政府厚生省的审批和认定再生医疗委员会认证的医疗机构才能够进行干细胞移植医疗行为。

获批准的干细胞治疗医疗机构每年必须义务性向再生医疗委员会和厚生省提交定期报告。

在治疗过程中发生任何与提交的医疗计划不符或患者出现疾病的情况下必须马上报告再生医疗委员会和厚生劳动省。

为干细胞治疗医疗机构提供细胞培养服务的“细胞培养加工设施”，也必须获得厚生省的批准后才可开展业务。下图：厚生省网站提供申请“细胞培养加工设施”营业资格的流程图。